Többféle lehetőség adódik szűrő elhelyezésre a Zehnder szellőztető rendszerben. A ComfoWell építőelemes rendszer szűrődobozába szinte bármilyen szűrőtípus elhelyezhető. A szűrő felülete nagyobb, beépítése légtömörebb, a szűrő elpiszkolódást a gép már nem idő, hanem a megszűrt levegő mennyisége alapján jelzi. A Comfo Air Q hővisszanyerő gépek minden alkatrésze szűrővel védett a por ellen.